Георгий Пантелеймонович Макогоненко родился 28 марта (10 апреля) 1912 г. в г. Змиеве Харьковской губернии. Окончив в 1929 г. школу в Саратове, он в 1930 г. приехал в Ленинград; работал чернорабочим, калильщиком, сотрудником заводской газеты. В 1934 г. он поступил на филологический факультет Ленинградского университета, и с университетом же оказалась связанной вся его дальнейшая научная биография. Участник семинара Г. А. Гуковского и один из ближайших его учеников, Г. П. Макогоненко уже в студенческие годы начал углубленное исследование узловых моментов литературного и общественного развития XVIII в.; его работы о Радищеве были замечены уже в конце 1930-х годов. В их числе была и статья «Пушкин и Радищев» (1939) — первая его пушкиноведческая работа.
Война застает Г. П. Макогоненко в Ленинграде. Из аспирантуры он уходит на финский фронт; служит наводчиком в 101-м гаубичном артиллерийском полку. После демобилизации в феврале 1941 г. он становится редактором литературно-драматического отдела Ленинградского радиокомитета; с началом Отечественной войны ведет передачи «Говорит Ленинград». О его работоспособности и энергии в тяжелейших блокадных условиях вспоминают все, кто видел его в эти годы. Для самого Георгия Пантелеймоновича трагические испытания явились не только духовной и гражданской, но и своего рода литературной школой; вместе с О. Ф. Берггольц, ставшей его женой, он выступает как публицист, очеркист, драматург. Опыт практической литературной деятельности оказался ему полезен и позднее, когда он руководил сценарным отделом «Ленфильма» (1956—1957); этот опыт сказался и на его филологических трудах, в которых неизменно ощущается сопричастность их автора литературной критике и писательскому творчеству.
С декабря 1941 г. Г. П. Макогоненко — военный корреспондент, выезжающий на разные участки Ленинградского фронта; в августе 1942 г. добровольно уходит во флот. Прикомандированный в 1944 г. ко 2-й Ударной армии генерала Федюнинского, а затем к 42-й армии, он становится непосредственным свидетелем ожесточенных боев. В октябре 1944 г. его демобилизуют для продолжения занятий в аспирантуре университета (автобиография в личном архиве Г. П. Макогоненко).
Закончив за один год аспирантуру, Г. П. Макогоненко в январе 1946 г. защищает кандидатскую диссертацию о Н. И. Новикове, а десятью годами позднее — докторскую диссертацию «Радищев и его время». Обе работы вышли в свет в качестве монографий («Николай Новиков и русское просвещение XVIII века», 1952; «Радищев и его время», 1956), выдвинув их автора в число ведущих специалистов по русской литературе XVIII в.
В работе о Радищеве, как и в более поздней книге «Денис Фонвизин. Творческий путь» (1961), Г. П. Макогоненко касался и творчества Пушкина, и это была дань не столько теме, сколько некоей общей концепции. Подобно своему учителю Г. А. Гуковскому, Г. П. Макогоненко вел целенаправленное исследование этапов русской общественной, политической и художественной мысли. Его интересовали судьбы русского Просвещения и преемственность литературных эпох, и его интерес к Новикову, Радищеву, Фонвизину был не столько приверженностью к индивидуальному автору, как это нередко бывает в творческих биографиях исследователей, сколько интересом к узловым моментам эволюции русского просветительства. Поэтому он редко возвращался к уже осмысленным им сюжетам, стремясь вовлечь в изучение новые пласты материала. От XVIII века он шел к Пушкину как к высшему достижению русской классической культуры, подготовленному XVIII веком. В этом отношении характерны не только его экскурсы в область пушкинского творчества в статьях, например, о Радищеве или Державине, — что естественно, — но и специальное внимание к таким темам, как «Пушкин и И. И. Дмитриев» или «Пушкин и И. С. Барков», которые всегда считались периферийными в изучении Пушкина. Между тем в общей концепции Г. П. Макогоненко они приобретали важное значение.
Дело в том, что в центре внимания исследователя постоянно оставалась судьба прежде всего реалистических тенденций в русской литературе. «Три направления определили мои разыскания, — писал он в предисловии к вышедшему уже посмертно сборнику своих избранных работ «О Пушкине, его предшественниках и наследниках» (Л., 1987), — изучение русского Просвещения, становления в борьбе с классицизмом нового литературного направления, с его эстетикой просветительского реализма, и разработка проблем национального своеобразия литературы этого века».
Все эти три направления сосредоточились, как в фокусе, в пушкиноведческих работах Г. П. Макогоненко, которые начинают систематически появляться с начала 1960-х годов и венчаются своеобразной трилогией о Пушкине и его эпохе: «Творчество А. С. Пушкина в 1830-е годы» (две книги, посвященные периодам 1830—1833 и 1833—1836 гг.), «Пушкин и Гоголь» и «Пушкин и Лермонтов»; последняя книга вышла уже посмертно. Центральной проблемой этого цикла работ является становление пушкинского реализма и роль его для творческого развития двух великих современников Пушкина — Лермонтова и Гоголя; этим общим замыслом определены и преимущественный интерес ученого к позднему Пушкину, и постоянное внимание к вопросам эволюции его метода. Реалистический метод Пушкина, согласно Г. П. Макогоненко, складывается уже к середине 1820-х годов; 1830-е годы в русской литературе проходят под его знаком. Необходимым условием его победы было преодоление романтического индивидуализма; в борьбе с ним формируется новое представление о личности, с новым этическим кодексом, включающим идею «общественного блага», гуманистические, общечеловеческие идеалы. Отсюда пристальное внимание исследователя к проблеме народного характера и характера социального; главы о «Капитанской дочке» и «Медном всаднике», где анализируются именно эти проблемы, принадлежат к числу наиболее заметных явлений в пушкиниане 1970—1980-х годов. Здесь Г. П. Макогоненко коснулся существеннейших вопросов эволюции философских и социальных взглядов Пушкина; согласно концепции исследователя (во многом противоположной традиционно сложившимся представлениям), Пушкин пришел к признанию закономерности народного бунта и к отказу от надежд на просвещенную монархию; поворот к народным началам, наметившийся уже в «Путешествии из Москвы в Петербург», произошел в «Капитанской дочке», и это окрасило последние произведения Пушкина в своеобразные тона исторического оптимизма, несмотря на решительное неприятие конкретной действительности. Полемически заявленная и не во всем одинаково убедительная, концепция Г. П. Макогоненко стимулировала и продолжает стимулировать обсуждение кардинальных вопросов пушкинского мировоззрения.
Исследование метода Пушкина у Г. П. Макогоненко всегда сочеталось с углубленным вниманием к вопросам поэтики. Его разборы «Анджело», «Сказки о рыбаке и рыбке», «Капитанской дочки», «Песен западных славян» (в особенности «Похоронной песни Иакинфа Маглановича») изобилуют тонкими и точными наблюдениями над художественной тканью пушкинской поэзии и прозы; весьма значительны его суждения о символическом языке «Медного всадника» и пушкинской лирики. Независимость от традиционных точек зрения позволила исследователю и здесь найти новые аспекты рассмотрения и критерии, обогатившие современные представления о поэтике русского реализма.
На всех работах Г. П. Макогоненко лежит явственная печать его личности — страстной и увлеченной, с импровизаторским даром, ярко раскрывшимся в его педагогической деятельности в Ленинградском университете, где он в течение многих лет возглавлял кафедру истории русской литературы, вел пушкинский семинар и читал лекции, снискав любовь десятков поколений студентов. Человек большой смелости и гражданского мужества, Г. П. Макогоненко сохранял свои научные и гражданские принципы при всех колебаниях конъюнктуры, не отступая от них и тогда, когда это было связано с риском для него самого, и это определило тот этический пафос, которым отмечена и его научная и литературная деятельность.